Некоторые версии Битрикс Виртуальная машина из коробки некорректно устанавливают lets encript или проводят не корректную склейку новых сертификатов при обновлении. Можно поменять их вручную.**
Посмотреть пути к файлам можно в меню установки сертификатов****
Объединить файл crt и ca, загрузить crt, ca, key на сервер
**